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Federica Baldassari

About Federica Baldassari

Posts by Federica Baldassari:

SPECIAL SESSION CALL FOR PAPERS: Spatial Omics Data Analysis

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20th Conference on Computational Intelligence methods for Bioinformatics and Biostatistics   (CIBB 2025)

September 10 – 12 2025, Milan, Italy – CIBB 2025 | Politecnico di Milano
 

SPECIAL SESSION: SPATIAL OMICS DATA ANALYSIS

CALL FOR SHORT PAPERS

Short paper submission deadline: 30 April 2025
 
SPECIAL SESSION AIMS AND SCOPE
In the single-cell biology era spatial approaches have become fundamental for understanding biological complexity. This has been established by some of the last Nature Methods of the Year (2024- Spatial Proteomic, 2020 Spatially Resolved Transcriptomics). Under the umbrella of Spatial-omics a variety of different technologies are encompassed, each of them requiring a dedicated bioinformatic approach.
The aim of this special session is to bring together researchers who are working on the development of methods and models in the fields of spatial omics data analysis to facilitate the exchange of knowledge and ideas in this innovative and fundamental research area.
 
PAPER SUBMISSION AND PUBLICATION
Authors are invited to submit a short paper (4-6 pages) presenting their original research. Paper submissions will be handled through EasyChair platform and detailed instructions on the submission process will be provided later.
Instructions for submitting the manuscript are available on the conference website: CIBB 2025 | Politecnico di Milano.
After the conference, the authors of all accepted contributions presented at the conference will be invited to submit an extended version of their manuscripts to Lecture Notes or a selected journal. Accordingly, we are currently discussing this option with Frontiers, BMC and Springer Lecture Notes.
 
TOPICS:
      • Spatial proteomics
      • Spatial transcriptomics
      • Spatial fluxomics
      • Spatial metabolomics
      • Tissue Architecture
      • Spatial omics data analysis (data integration, classification, clustering, neighbourhood)

 
IMPORTANT DATES
Short paper submission deadline: 30 April 2025
Acceptance/rejection notification: 23-30 June 2025
Camera-ready short paper submission: 6 July 2025
Deadline for early-bird registration: 1 August 2025
Registration close: 4 September 2025
Conference: 10-12 September 2025
 
WHEN AND WHERE
The conference will be held from 10th to 12th September 2025, at Politecnico di Milano, Campus Leonardo, Building 3 – room 3.0.3, Piazza Leonardo da Vinci, 32.
 
SPECIAL SESSION ORGANIZERS
*Maddalena Maria Bolognesi, National Research Council; NBFC, Italy
*Bruno Giovanni Galuzzi,  National Research Council; NBFC, Italy
Chiara Damiani, University of Milano-Bicocca, Italy
Francesco Lapi, University of Milano-Bicocca, Italy
Lorenzo dall’Olio, Istituto delle Scienze Neurologiche, Bologna, Italy
* corresponding organizers: maddalenamaria.bolognesi@cnr.it, brunogiovanni.galuzzi@cnr.it
 
The workshop is sponsored by the National Biodiversity Future Center (NBFC) (https://www.nbfc.it/).
 
 
 

Al via il progetto “Smart4Teens”

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Al via il progetto “Smart4Teens”

Tecnologie digitali e sviluppo del cervello dei preadolescenti: qualche relazione possibile?

Smart4Teens: uno studio di ricerca sullo sviluppo dell’empatia e dei suoi correlati neurali in un campione di preadolescenti in relazione all’età d’introduzione e alle abitudini di utilizzo delle tecnologie digitali

Negli ultimi anni si è assistito a un calo dell’età in cui i soggetti in età evolutiva accedono ai dispositivi digitali e a un incremento del tempo complessivo di utilizzo, con effetti incerti e vari sullo sviluppo di diverse abilità cognitive e psicosociali. Tuttavia, è un dato di fatto che i dispositivi digitali sono ormai parte integrante della vita di ogni preadolescente.

Come adulti di riferimento, genitori ed educatori spesso si dividono in tecno-entusiasti e tecno-critici. I primi ne sono affascinati, gli altri spaventati, altri ancora si domandano se, quanto e in che termini l’utilizzo precoce e intensivo delle tecnologie digitali sia realmente dannoso per i ragazzi in fase di sviluppo. Di fatto, la maggior parte dei genitori si confronta quotidianamente con la sfida di regolare l’utilizzo che i propri figli fanno dei dispositivi digitali.

 

Gli sforzi in questo senso sembrano resi ancor più gravosi dal fatto che, a oggi, mancano linee guida basate su evidenze scientifiche aggiornate che illustrino effetti oggettivi dell’utilizzo dei dispositivi sullo sviluppo e sul benessere dei ragazzi. C’è davvero un impatto dell’utilizzo delle tecnologie sullo sviluppo del cervello dei preadolescenti? A partire da quale età o in quali condizioni questo impatto risulta rilevante? È utile limitare il tempo complessivo di utilizzo? Quali sono gli aspetti dello sviluppo che ne risentono maggiormente? Come impatta l’uso delle tecnologie sullo sviluppo delle capacità relazionali?

Rispondere a tali quesiti costituisce attualmente una sfida importante, che richiede un approccio multidisciplinare e integrato di tutta la comunità scientifica. L’apporto che tutti i progetti di ricerca in quest’ambito potranno dare rappresenta un passo importante verso la stesura di linee guida basate su dati scientifici che possano supportare genitori ed educatori nel compiere scelte consapevoli rispetto alla gestione delle tecnologie digitali.

 

In questo contesto, l’Istituto di Bioimmagini e Sistemi Biologici Complessi (IBSBC) del CNR, con il supporto dell’Università di Milano-Bicocca, ha sviluppato il progetto “Smart4Teens – Sviluppo dell’empatia e dei suoi correlati neurali in un campione di preadolescenti in relazione all’età d’introduzione e alle abitudini di utilizzo delle tecnologie digitali”. Il progetto si focalizza in particolare sullo sviluppo dei circuiti neurali che sottendono le abilità empatiche nei preadolescenti. L’empatia, infatti, è un’abilità di cruciale importanza per il benessere psicosociale e il suo sviluppo è ancora in essere durante l’età evolutiva. Pertanto, è di estrema importanza comprendere se e come l’utilizzo delle tecnologie digitali possa influenzarne lo sviluppo, conoscere eventuali effetti positivi e negativi e capire se questi ultimi siano mediati dal contesto di utilizzo e dal livello di supervisione da parte degli adulti.

 

Lo studio si articola in due fasi.

Nella prima fase ci si propone di raccogliere dati relativi all’utilizzo attuale e pregresso delle tecnologie digitali da parte dei preadolescenti, attraverso un questionario da compilare online.

Nella seconda fase, invece, verranno raccolti dati comportamentali e segnali di attivazione cerebrale attraverso l’utilizzo della Spettroscopia Funzionale nel vicino infrarosso (fNIRS) in un campione di preadolescenti, al fine di chiarire se l’utilizzo intensivo e precoce delle tecnologie digitali può accompagnarsi a  modificazioni dello sviluppo delle aree cerebrali che sottendono le abilità di empatia cognitiva e affettiva.

 

Il progetto non mira a definire una causalità diretta tra utilizzo delle tecnologie ed eventuali modificazioni nei pattern di attivazione cerebrale, ma piuttosto a esplorare la convergenza tra misure comportamentali e di attivazione cerebrale dell’empatia in relazione alle abitudini di utilizzo delle tecnologie digitali. Nuove conoscenze in quest’ambito potrebbero tradursi in indicazioni aggiornate per l’utilizzo delle tecnologie digitali che si configurerebbero quali strumenti in grado di direzionare processi decisionali, sia a livello di collettività sia a livello individuale, volti a promuovere lo sviluppo e il benessere di bambini e adolescenti. 

 

 

 

Hai un/una figlio/a tra gli 11 e i 13 anni?

Vuoi conoscere meglio il progetto e capire come puoi aiutarci partecipando con lui/lei ad una ricerca sull’utilizzo delle tecnologie digitali e lo sviluppo della capacità relazionali dei preadolescenti?

Qui puoi trovare le tutte le informazioni e puoi contattare i responsabili scientifici del progetto (Dott.ssa Gallivanone Francesca, Dott.ssa Sassetti Teresa) al seguente indirizzo mail protocollir.ibsbc@cnr.it

Seminari IBSBC

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A partire da aprile 2025 si darà il via alla serie di “Seminari IBSBC”, corsi formativi organizzati dall’Istituto di Bioimmagini e Sistemi Biologici Complessi che si terranno sia in presenza che da remoto mediante link a webinar.

I seminari affronteranno tematiche diverse, dalle nuove tecnologie, ad approcci scientifici innovativi, dalla comunicazione ai programmi di ricerca, e avranno come scopo principale quello di creare occasioni di dialogo e confronto per incentivare collaborazioni nazionali ed internazionali.

Il primo incontro dal titolo “La ricerca europea per il post PNRR” è previsto per lunedì 7 aprle 2025 alle ore 11:00 sarà tenuto dal professor Danilo Porro dell’Università di Milano-Bicocca.

Per maggiori informazioni su questo seminario e sugli altri in programma visitare la pagina WEBINAR

 

 

Metabolomics Academy: Applications for One Health

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La scuola si focalizza sullo studio della metabolomica e le sue applicazioni attraverso un programma distribuito in 5 giorni. La scuola è strutturata in lezioni frontali in italiano con personale docente altamente esperto del settore e prevede ampi momenti di condivisione e dialogo tra i partecipanti ed i docenti per facilitare lo scambio di idee e la formazione di collaborazioni. 

Target audience 

La scuola di metabolomica è adatta sia per laureandi e studenti PhD che si affacciano alla metabolomica per la prima volta, sia per ricercatori e personale R&D che vuole aumentare le proprie conoscenze e competenze nella materia attraverso lo scambio e la discussione con ricercatori e ricercatrici esperti nel campo. 

Obiettivi della scuola

Acquisire familiarità con le principali applicazioni della metabolomica in diversi campi quali ambientale, nutraceutico, alimentare e della medicina personalizzata; conoscere le tecniche più appropriate per la preparazione del campione e l’acquisizione dei dati tramite spettrometria di massa; approcciarsi alle analisi untargeted, targeted e di labelling;  sviluppare competenze in statistica; utilizzare i dati di metabolomica per comprendere la biochimica e il metabolismo; essere guidati nella progettazione personalizzata di esperimenti di metabolomica (che possono riguardare metabolismo primario e secondario, lipidomica, composizione degli alimenti e prodotti naturali, esposoma,volatiloma) relativi ad un proprio caso studio.

Date importanti

– La scuola si svolgerà tra 25-30 maggio 2025

– Scadenza domande: 10 aprile 2025. La scuola ha posti limitati per un numero massimo di 33 persone. I posti saranno assegnati in base all’ordine temporale di registrazione che viene confermata solo tramite il pagamento della quota di iscrizione. 

– Scadenza sottomissione Abstract: 18 aprile 2025

É consigliabile ma non obbligatorio sottomettere un abstract relativo ad un particolare caso studio da poter esporre.

Venue

LUOGO: Villa Fenaroli Palace Hotel, Via Giuseppe Mazzini, 14, 25086 Rezzato BS

Fee 

Quota di iscrizione: 900euro (Novecento euro)

Include: la scuola, pernottamenti e prima colazione, pranzi, cene, coffee-breaks, la cena sociale l’ultima sera. Ci sarà a disposizione una navetta A/R per stazione Milano-Centrale con orario da definire per chi ne usufruirà.

Ai partecipanti si richiede di pagare autonomamente le spese di viaggio.

Contatti

Per domande relative al programma della scuola, all’organizzazione e per sottometere l’abstract contattare gli organizzatori al seguente indirizzo e-mail: metabolomics.milan@ibsbc.cnr.it 

Pre-requisiti

I partecipanti devono possedere come requisito base i fondamenti di biologia e/o biochimica.

Docenti

  • Daniela Gaglio, Consiglio Nazionale delle Ricerche – IBSBC Segrate
  • Marcella Bonanomi, National Research Council – IBSBC, Segrate
  • Flavio A. Franchina, University of Ferrara, Ferrara
  • Luigi Lucini, Università Cattolica del Sacro Cuore, Piacenza
  • Anna Calì, Agilent Technologies
  • Leilei Zhang, Università Cattolica del Sacro Cuore, Piacenza
  • Clara Musicco, Consiglio Nazionale delle Ricerche – IBIOM, Bari
  • Pierluigi Caboni, Università di Cagliari, Cagliari
  • Roberto M. Pellegrino, Univeristà di Perugia, Perugia

Organizzatori

  • Daniela Gaglio, Consiglio Nazionale delle Ricerche – IBSBC Segrate
  • Federica Baldassari, Consiglio Nazionale delle Ricerche – IBSBC Segrate
  • Marcella Bonanomi, Consiglio Nazionale delle Ricerche – IBSBC Segrate
  • Luigi Lucini, Università Cattolica del Sacro Cuore, Piacenza
  • Flavio A. Franchina, University of Ferrara, Ferrara
  • Sergio Giannattasio, Consiglio Nazionale delle Ricerche – IBIOM, Bari
  • Clara Musicco, Consiglio Nazionale delle Ricerche – IBIOM, Bari
  • Pierluigi Caboni, Università di Cagliari, Cagliari
  • Allegra Via, Università La Sapienza, ELIXIR-IT Training

Come registrarsi alla scuola

Link alla PRE-REGISTRATION FORM. Una volta registrati verrete contattati per confermare vi siano ancora posti disponibili e per condividere le informazioni necessarie per procedere al pagamento della quaota di iscrizione.

 

Programma preliminare

Il programma dettagliato con gli orari sarà condiviso al più presto. È possibile conoscere i temi che saranno trattati ed i relativi docenti qui di seguito. 

CORSI BASE 
• Introduzione alla metabolomica – Marcella Bonanomi 
• Biochimica del metabolismo – Daniela Gaglio 
• Preparazione campioni – Marcella Bonanomi 
• Teoria e pratica della cromatografia monodimensionale – Flavio A. Franchina 
• Spettrometria di massa ad alta risoluzione vs bassa risoluzione – Luigi Lucini 
• Analisi Untargeted – Luigi Lucini 
• Principi di annotazione dei composti – Luigi Lucini 
• Chemiometria – Leilei Zhang 
• Annotazione dei composti, statistica e pratica – Leilei Zhang 
• Fisiologia mitocondriale e tecniche di estrazione – Clara Musicco 
• Metabolomica del lievito – Clara Musicco 
• Separare per Conoscere: Il Ruolo della Cromatografia in LC-MS e GC-MS – Anna Calì  

CORSI AVANZATI 
• Marcature – Daniela Gaglio 
• Marcatura Pratica – Daniela Gaglio 
• Teoria e pratica della cromatografia multidimensionale – Flavio A. Franchina 
•  Volatilomica: preparazione e analisi dei metaboliti volatili – Flavio A. Franchina 
• Analisi Targeted e quantificazione dei composti – Marcella Bonanomi 
• Preparazione e analisi di campioni mitocondriali – Clara Musicco
• Lipidomica – Pierluigi Caboni
• Analisi dei dati lipidomici in uno scenario di biologia dei sistemi utilizzando strumenti bioinformatici innovativi – Roberto M. Pellegrino
• Approcci all’identificazione di bio-marcatori e analisi di sistemi biologici complessi – Anna Calì
• Multivariate modelling – Leilei Zhang 

 

 

 

IBSBC al Festival Della Scienza di Genova 2024

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A caccia di biodiversità

 

Nelle giornate tra il 24 e il 31 ottobre 2024, l’istituto di Bioimmagini e Sistemi Biologici Complessi – IBSBC è stato tra i protagonisti del Festival della Scienza di Genova presentando un laboratorio interattivo per le scuole medie superiori dal titolo “A caccia di Biodiversità. L’approccio multidisciplinare della scienza”. Il laboratorio ricade nell’ambito delle attività di terza missione del progetto del Centro Nazionale per la Biodiversità – NBFC e ha visti coinvolti molti ricercatori del nostro istituto allo scopo di promuovere l’importanza della biodiversità attraverso l’investigazione multisettoriale di un caso studio. https://www.festivalscienza.it/programma-2024/a-caccia-di-biodiversita.

 Organizzato in stile gioco -trova il colpevole e risolvi il ‘delitto’- il laboratorio permette di trovare la soluzione solo attraverso l’unione di tre approcci scientifici diversi: la biologia molecolare, l’imaging e la metabolomica. Queste tre branche scientifiche sono state presentate al pubblico attraverso altrettante tecnologie innovative: la PCR real-time quantitativa, la fotografia iperspettrale e la cromatografia-spettrometria di massa.  

Il dilemma posto ai partecipanti è il seguente: perché, in uno stesso campo coltivato, una specie di pianta di menta sopravvive e un’altra assai simile no? Diversi i personaggi del gioco sospettati, tra coloro che avevano il compito di prendersi cura del raccolto in questione. Solo unendo i dati ottenuti dalle tre tecnologie complementari è possibile ottenere le informazioni necessarie all’individuazione del colpevole.  
Infine, la scoperta: non c’è un solo colpevole.  
In questo modo, sfruttando il gioco, si è guidata l’attenzione del pubblico al cambiamento climatico ed all’importanza della biodiversità come bacino di inestimabile importanza su cui poter fare affidamento per far fronte alle diverse crisi ambientali.

Nel corso degli otto giorni di presentazione del laboratorio al Festival di Genova, sono stati raccolti 187 questionari di gradimento: 170 da parte di studenti e studentesse delle scuole medie superiori, 12 dal personale docente accompagnatore e 5 da pubblico autodefinito come “Altro”.  È stato chiesto agli intervistati di rispondere assegnando, per ogni domanda, un punteggio da 1 a 5, dove 1 indica una valutazione poco positiva mentre 5 molto positiva. Alla domanda “Come valuti l’attività nel suo insieme?” il 92% degli intervistati ha considerato il laboratorio con una valutazione di 4 o superiore.  Con le stesse valutazioni, l’81% ha dichiarato che consiglierebbe l’attività ad un collega, mentre attorno al 90% ha dichiarato, per ognuna delle tre branche scientifiche presentate, che gli argomenti trattati fossero stati presentati in modo chiaro e comprensibile. 
Sicuramente fondamentale è stata l’attività degli animatori selezionati dal Festival, che hanno condotto il laboratorio nei vari giorni di programmazione: il 94% degli intervistati ha considerato gli animatori “adeguatamente preparati e coinvolgenti” con una valutazione di 4 o superiore. 


A conclusione delle attività è stata data agli studenti e alle studentesse la possibilità di lasciare messaggi scritti su un quaderno apposito; tra i diversi messaggi lasciati di saluti, complimenti dedicati all’esperienza, agli animatori e persino messaggi rivolti ai personaggi inventati del gioco, riportiamo alcuni tra quelli dedicati alla biodiversità: 


“A me piacciono le piante :)” 
“W le piante” 
“Ricordatevi di innaffiare le vostre piante!!!” 
“La biodiversità è la speranza!!” 
“Sosteniamo la biodiversità” 
“Biodiversità = la ricchezza dell’Umanità” 
“Senza biodiversità non c’è vita! <3”  

 

Vista l’affluenza, l’interesse dimostrato sul tema della biodiversità e i pareri positivi ottenuti sull’attività, è stato recentemente proposto di portare nelle scuole una versione ridotta del laboratorio. Ad ogni modo, l’esperienza ha come sempre insegnato molto sulle reali percezioni del pubblico su determinate tematiche di rilievo, come nel caso della biodiversità, e la collaborazione con gli animatori ha contribuito a migliorare l’intera esperienza.

 

15/11/2024

Written by Federica Baldassari

Marco Calvaruso alla 43esima campagna sperimentale di volo parabolico

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Partecipazione del ricercatore Marco Calvaruso alla 43esima campagna sperimentale di volo parabolico

Cefalù, 24 settembre 2024

Dal 10 al 20 settembre, presso l’aeroporto di Bordeaux Mérignac, il ricercatore Marco Calvaruso dell’Istituto di Bioimmagini e Sistemi Biologici Complessi (CNR-IBSBC), sede secondaria di Cefalù, ha partecipato alla 43esima campagna sperimentale di volo parabolico. La campagna di volo parabolico, nota anche come “volo Zero-G”, è stata organizzata dalla Novespace, in collaborazione con l’Agenzia Spaziale Tedesca (DLR). Questi voli offrono un’opportunità unica per condurre esperimenti scientifici in condizioni di microgravità, simulando l’ambiente spaziale per brevi periodi di tempo.

L’obiettivo della missione è stato quello di studiare gli effetti indotti dall’assenza di gravità (microgravità) su cellule di carcinoma mammario. Questa ricerca innovativa mira a comprendere meglio come la microgravità possa influenzare la crescita e il comportamento delle cellule tumorali, aprendo nuove prospettive per la ricerca oncologica e potenziali trattamenti futuri.

Durante la campagna, il dott. Calvaruso ha collaborato con il gruppo di ricerca della prof.ssa Daniela Grimm dell’Università Otto von Guericke di Magdeburgo (Germania). Questa collaborazione, avviata nel 2022 grazie al programma di Short Term Mobility, che promuove la collaborazione internazionale tra il CNR e istituzioni di ricerca straniere attraverso la mobilità di breve durata di studiosi italiani e stranieri.

La partecipazione del dott. Calvaruso a questa prestigiosa campagna sperimentale rappresenta un importante riconoscimento per il lavoro svolto dal CNR-IBSBC e sottolinea l’importanza della collaborazione internazionale nella ricerca scientifica. “Questa esperienza è stata estremamente arricchente e ci permetterà di comprendere ancora meglio come la microgravità possa influenzare il comportamento delle cellule tumorali” ha dichiarato il dott. Calvaruso.

Per ulteriori informazioni sull’attività, è possibile contattare il dott. Marco Calvaruso all’indirizzo marco.calvaruso@cnr.it