CNR, ISTITUTO DI BIOIMMAGINI E SISTEMI BIOLOGICI COMPLESSI
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Graudenzi Alex

Bio sketch

 

    • Laurea Magistrale in Economia e Sistemi Complessi
    • Dottorato in Modellistica, Simulazione Computazionale e Caratterizzazione Multiscala per le Scienze dei Materiali e della Vita

 

    • Assegnista di ricerca, Univ. di Modena and Reggio Emilia 2006-2010
    • Assegnista di ricerca postdoc, European Centre for Living Technology, Univ. Ca’ Foscari di Venezia 2010-2011
    • Assegnista di ricerca postdoc, Univ. di Milan-Bicocca 2011-2016
    • Ricercatore a tempo determinato, (RTD-A) Univ. di Milan-Bicocca 2016-2018
    • Ricercatore a tempo indeterminato, IBFM-CNR 2018-

 

    • ORCID ID: 0000-0001-5452-1918
    • Scopus Author ID: 25121540100

 

Temi di Ricerca

 

    • Metodi computazionali per l’analisi dell’evoluzione tumorale (cancer evolution)
    • Integrazione di dati multi-omici da esperimenti di sequencing bulk e single-cell
    • Modellazione e simulazione multiscala di sistemi biologici
    • Teoria del controllo per il design di terapie
    • Metodi per l’analisi dell’evoluzione virale

 

Collaborazioni Nazionali

 

    • Univ. di Milan-Bicocca / SysBio Centre for Systems Biology (Prof. Isabella Castiglioni, Prof. Marco Antoniotti, Chiara Damiani, Prof. Rocco Piazza, Prof. Giancarlo Mauri, Prof. Marco Vanoni, Prof. Dario Pescini, Prof. Carlo Gambacorti-Passerini)
    • Università di Modena and Reggio Emilia (Prof. Roberto Serra, Prof. Marco Villani)
    • IRCCS Ospedale San Raffaele (Prof. Giovanni Tonon, Eugenio Montini)
    • Candiolo Cancer Institute (Prof. Enzo Medico)
    • Humanitas Research Hospital (Prof. Carlo Stella)
    • Università di Padova (Prof. Simone Montangero)
    • Università di Bologna (Andrea Roli)
    • Politecnico di Milano (Prof. Gabriele Dubini)

 

Collaborazioni Interazionali

 

    • Institute of Cancer Research, ICR, London, UK (Prof. Andrea Sottoriva)
    • New York University, NYU, New York, USA (Prof. Bud Mishra)
    • New York Genome Center, NYCG, New York, USA (Marcin Imielinski)
    • Connelly Center of the University of Toronto, Toronto, Canada (Prof. Gary Bader)
    • Autonomous University of Barcelona, Barcelona, Spain (Prof. Victor Moreno)

 

Bibliografia recente di maggior rilevanza

 

Angaroni, F.+, Graudenzi, A.+,*, , Maspero, D., Calarco, T., Piazza, R., Montangero. S., Antoniotti, M.: An optimal control framework for the automated design of personalized cancer treatments (* corresponding author, + equal contributors) (2020). Front. Bioeng. Biotechnol. Accepted.

 

Damiani, C., Maspero, D., Sala, I., Rosato, L., Rovida, L., Di Filippo, M., Pescini, D., Graudenzi, A., Antoniotti, M., Mauri, G. (2020). MaREA4Galaxy: metabolic reaction enrichment analysis and visualization of RNA-seq data within Galaxy. Computational and Structural Biotechnology Journal. Volume 18, 2020, Pages 993-999, https://doi.org/10.1016/j.csbj.2020.04.008.

 

Graudenzi, A., Maspero, D., Damiani, C. (2020): FBCA, a multiscale modeling framework combining cellular automata and flux balance analysis. Journal of Cellular Automata, Volume 15, Issue 1-2, 2020, Pages 75-95.

 

Damiani, C., Maspero, D., Di Filippo, M., Colombo, R., Pescini, D., Graudenzi, A., Westerhoff, H. V., Alberghina, L., Vanoni, M., Mauri, G. (2019): Integration of single-cell RNA-seq data into population models to characterize cancer metabolism. Plos Computational Biology 15(2): e1006733, https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1006733.

 

Ramazzotti, D., Graudenzi, A.*, De Sano, L., Antoniotti, M., Caravagna, G. (* corresponding author) (2019): Learning mutational graphs of individual tumor evolution from multi-sample sequencing data. BMC Bioinformatics, 20:210, doi: 10.1186/s12859-019-2795-4.

 

Ramazzotti, D., Nobile, M., Antoniotti, M., Graudenzi, A.* (* corresponding author) (2019) Efficient computational strategies to learn the structure of probabilistic graphical models of cumulative phenomena. Journal of Computational Science 30, pp. 1–10, https://doi.org/10.1016/j.jocs.2018.10.009.

 

Graudenzi, A., Maspero, D., Di Filippo, M., Gnugnoli, M., Isella, C., Mauri, G., Medico, E., Antoniotti, M., Damiani, C. (2018): Integration of transcriptomic data and metabolic networks in cancer samples reveals highly significant prognostic power. Journal of Biomedical Informatics, Volume 87, 37-49, doi: 10.1016/j.jbi.2018.09.010

 

Graudenzi, A.*, Cava, C., Bertoli, G., Fromm, B., Flatmark, K., Mauri, G., Castiglioni, I. (*corresponding author) (2017): Pathway-based classification of breast cancer subtypes. Frontiers in Bioscience, Landmark, 22, 1697-1712.

 

Caravagna, G., Graudenzi, A., Ramazzotti, D., Sanz-Pamplona, R., De Sano, L., Mauri, G., Moreno, V., Antoniotti, M., and Mishra, B. (2016): Algorithmic Methods to Infer the Evolutionary Trajectories in Cancer Progression. Proc Natl Acad Sci (PNAS) USA 113 (28) E4025-E4034; published ahead of print June 28, 2016, doi:10.1073/pnas.1520213113.

 

Paroni, A.*, Graudenzi, A.*, Caravagna, G.*, Damiani, C., Mauri, G. and Antoniotti, M. (2016): CABeRNET: a Cytoscape app for Augmented Boolean models of gene Regulatory NETworks (* equal contributors). BMC Bioinformatics 17:64, doi 10.1186/s12859-016-0914-z.